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Chapter 14
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Receptive Field Explorer
컨텍스트 창:
10kb
0
50kb
100kb
150kb
200kb
10kb 컨텍스트: 국소 모티프 검출 가능, 원거리 인핸서는 보이지 않음.
Architecture Mechanism Comparison
CNN
필터가 슬라이딩하며 국소 패턴 감지. 팽창 합성곱으로 수용 영역 확장. O(n).
Transformer
모든 위치가 서로 어텐션 연결. O(n²). 100kb 이상에서 비현실적.
SSM / HyenaDNA
Mamba O(n) / HyenaDNA O(n log n). 둘 다 1Mb 서열 처리.
CNN:
필터 폭만큼만 볼 수 있습니다. 레이어를 쌓으면 수용 영역이 늘어나지만 여전히 제한적입니다.
Long-Range Prediction: Enhancer–Promoter
단거리 모델 (CNN-like, 10kb)
장거리 모델 (HyenaDNA-like, 1Mb)
단거리 모델:
ZRS 인핸서를 감지하지만 타겟 유전자 발현 예측 실패.